1. Conpair Tumor.bam과 Normal.bam을 Input으로 하여 동일한 개체에서 얻은 샘플인지 Concordance와 Contamination을 계산해주는 툴 * 해당 툴에 대해 다운로드 및 사용법정리 [Tools] - Conpair - tumor.bam normal.bam 비교 2. 과정 1) Pileup 생성 GATK Pileup을 이용해 bam파일로부터 pileup 파일을 생성. Tumor.bam -> Tumor.pileup Normal.bam -> Normal.pileup 2) Concordance 계산 marker의 MAF를 기반으로 Normal.pileup과 Tumor.pileup에서 bin별로 각각 아래의 확률 식으로 likelihood가 계산됩니다. 식 설명: k개의 rea..
