1. slop: base pair 늘리기 bedtools slop -b 20 -i -g 설명: 의 모든 영역에 대해 앞, 뒤로 20 base pair 늘리는 명령어 입니다. # 링크: https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/slop.html * 파일은 전체 영역에 대한 bed 영역입니다. 일반적인 bam파일로부터 얻을 수 있습니다. 1) Genome 파일 만들기 ① 명령어 samtools view -H test.bam | grep LN | head -25 설명: bam 파일의 헤더부분(-H 옵션)중에서 길이 부분중에(grep LN) 25번째 line까지 확인 (미토콘드리아 염색체 길이 포함) ② 결과 사람에 대해 전체 영역에 대한 bed 파일을..
암(Cancer)과 생물정보학(BioInformatics)은 어떤 관계가 있을까? 바꿔 말하면, 생물정보학 기술을 이용하면 암의 치료에 어떤 영향을 줄 수 있을까? 에 대해 정리하겠습니다. 1. 암의 발생 원인 "체세포 안에서 유전정보를 담고 있는 지놈(genome)에 유전적 변형이 쌓여 암 유전자(oncogene), 암 억제 유전자(tumor suppressor gene) 등 핵심 유전자에서 돌연변이가 생기면 정상 세포가 암세포로 변한다. 현재 우리가 알고 있는, 암이 생겨나는 주요한 이유이다." 암 정복 연대기 中 즉, 암의 본질적인 원인은 내 몸을 이루고 있는 세포중에 돌연변이가 발생해 암세포가 되는 것입니다. 성인은 보통 약 100조개의 세포로 이루어져있습니다. 이 중 암세포가 생겼는지 안생겼는지..
생물정보학 회사는 어떻게 굴러가고, 어떻게 이익을 창출하는지 정리하겠습니다. (모든 생물정보학 기반 회사가 같은 일을 하는 것은 아닙니다. 현재 우리나라의 대부분 생물정보학 회사의 업무 흐름을 작성하겠습니다.) 생물정보학 회사는 대부분 큰 틀에서 생명 정보를 맞춤형 의료에 적용하여, 실생활에 적용하기 위한 목표를 가집니다. * 맞춤형 의료란? 현재 의료는 가장 보편적인 치료법이나 의약품을 대상이 되는 증상의 사람에게 처방합니다. 즉, 치료법과 의약품에 맞춰 개개인이 치료됩니다. 반면에 맞춤형 의료는 개개인의 생명 정보를 바탕으로, 개인에 최적화된 치료법과 의약품을 찾아 처방합니다. 즉, 내 몸에 잘듣는 약을 찾아 처방합니다. 1. 생물정보학 회사의 업무 흐름 생물정보학 회사의 주요 부서는 크게 4가지로 ..
