bedtools merge

1. bedtools merge

Input으로 들어온 bed 파일에 대해, 서로 겹치는 영역을 하나로 합쳐주는 기능입니다.

 

 

2. 주요 옵션

1) c 옵션: 컬럼 번호를 지정하여, -o 옵션을 수행합니다.

2) o 옵션: Default는 sum 이며 다양한 옵션이 존재합니다.

o옵션으로 올 수 있는 값들

 

3. 예시

bedtools merge -i test.bed -c 4 -o collapse > test2.bed

* 옵션 설명

-i test.bed : input으로 test.bed를 받는 옵션입니다.

-c 4 : test.bed 파일에서 4번째 컬럼(아래 그림에서 Feature 컬럼)에 대해 -o 옵션을 적용합니다.

-o collapse : 4번째 컬럼(Feature)에 대해 서로 영역이 합쳐지면, Feature 컬럼의 값이 콤마(,)를 구분자로 합쳐지게(collapse) 됩니다.